docs: CLI リファレンスをグループ別に分割し repo 連携ガイドを追加

[takemi-ohama]

概要

docs/ を執筆ルール（1 ファイルあたりの分量を抑える・図はインライン mermaid）に沿って整理し、外部リポジトリ連携プロジェクト向けの新ガイドを追加しました。ドキュメントのみの変更で、CLI の挙動には影響しません。

変更点

• CLI リファレンスの分割: 740 行の docs/user/cli-reference.md を docs/user/cli-reference/ 配下に再編
  • README.md（目次・コマンド体系）+ 01-toplevel.md / 02-project.md / 03-env.md / 04-plugin.md / 05-snapshot.md
  • 各ファイル 300 行以内。目的のコマンドへ辿りやすくなる
• repo 連携ガイドの新規追加: docs/plugin-dev/repo-backed-projects.md
  • アプリ本体のリポジトリを共有 work ボリュームへ取り込み、複数コンテナで動かすプロジェクト向けの pre-up populate パターンを解説
  • 初回のみ populate し、2 回目以降はコンテナ側のソース・環境ファイルを上書きしない冪等スキップの設計意図・更新運用・チェックリストを記載
• 参照リンクの更新: 分割に伴い docs/README.md（索引・構成ツリー）、container-operations.md、env-export-import.md、getting-started.md、plugin-registries.md、quickstart.md の参照リンクを新パスへ張り替え
• CHANGELOG: 上記 2 点を Unreleased に追記

動作確認

• 旧 cli-reference.md への残存参照が無いことを確認（grep -rn "cli-reference.md" docs/ → 0 件）
• 分割ファイル内の相対リンク・被リンクのアンカーが実在先へ解決することを確認
• docs/ 配下の全 Markdown が 500 行以下であることを確認
• GitHub 上でのレンダリング（mermaid 図・リンク遷移）を確認

補足

carmo-system-console の pre-up 本体（挙動変更）は別リポジトリ（volareinc/devbase-ext）にあり、この PR には含まれません。本 PR は devbase 本体リポジトリのドキュメントのみです。pre-up の実コード変更は devbase-ext 側で別途 PR が必要です。